SMP Muhammadiyah Pujotomo tidak hanya berfokus pada prestasi akademik, tetapi juga membentuk karakter siswa dengan nilai-nilai Islam yang kuat melalui berbagai program unggulan. Sekolah ini menawarkan beragam program pendidikan, mulai dari pelatihan keterampilan hingga pengembangan potensi wirausaha. Program-program tersebut dirancang untuk menumbuhkan keterampilan praktis dan spiritual siswa, mendukung mereka menjadi pribadi yang berprestasi, berakhlak mulia, serta siap menghadapi tantangan masa depan. Di samping itu, fasilitas yang lengkap dan kegiatan ekstrakurikuler yang variatif memperkaya pengalaman belajar siswa secara menyeluruh.